Cmentarze na Woli przy ul. Powązkowskiej w pierwszych dniach powstania były terenem krwawych walk. Nekropolie wielokrotnie przechodziły z rąk do rąk. Broniły ich bataliony Zgrupowania Armii Krajowej „Radosław”. Po wojnie spoczęli tutaj w powstańczych kwaterach żołnierze AK.
Już 1 sierpnia bataliony „Zośka”, „Pięść” i „Parasol” ze Zgrupowania Armii Krajowej „Radosław” zajęły na Woli m.in. tereny cmentarza ewangelickiego, kalwińskiego, żydowskiego i katolickiego.
Trzy dni później ruszyło tutaj niemieckie natarcie, którego celem było odblokowanie arterii komunikacyjnej wschód–zachód. Zgrupowanie zostało odcięte od Śródmieścia, a od 7 sierpnia walczyło w osamotnieniu.
Następnego dnia rankiem Niemcy przypuścili kolejny szturm na kompleks cmentarzy. Uderzenie wspierane było czołgami, ogniem granatników, artylerii i pociągu pancernego. – Niemcy atakują coraz zajadlej, znów bombardują i niszczą nasze pozycje z dział i granatników. Potworny huk i gwizd odłamków mieszają się z krzykiem i jękami rannych – wspomina na stronie batalionu „Parasol” Eugeniusz Kraszewski „Zojko”.
Ostrzeliwani powstańcy zaczęli się cofać. Dowódca Zgrupowania ppłk Jan Mazurkiewicz „Radosław” postanowił przebić się ze swoimi żołnierzami do Puszczy Kampinoskiej. Otrzymał jednak rozkaz pozostania na stanowisku.
Dzięki brawurowemu kontratakowi powstańcom udało się odzyskać tereny cmentarzy. Obszar nekropolii jeszcze kilkakrotnie przechodził z rąk do rąk. Wreszcie 9 sierpnia bezpowrotnie został utracony cmentarz ewangelicki, a 10 sierpnia niemieckie ataki objęły okolice cmentarza katolickiego.
11 sierpnia ppłk „Radosław” wycofał swoje oddziały przez ruiny getta na Stare Miasto. Jednak kilkudniowe ciężkie walki powstrzymały siły niemieckie na przedpolu Starówki, umożliwiając dowództwu AK reorganizację oddziałów i przygotowanie do obrony dzielnicy.
Zgrupowanie „Radosław” straciło podczas starć na cmentarzach i w ich okolicy 600–700 żołnierzy, czyli ok. połowę pierwotnego stanu.
Po wojnie na wojskowym cmentarzu na Powązkach, mimo problemów ze strony ówczesnych władz, udało się doprowadzić do powstania 11 kwater powstańczych. Chowano w nich ciała zidentyfikowanych żołnierzy, ekshumowane z warszawskich podwórek i skwerów. Powstały m.in. kwatery batalionów „Zośka”, „Parasol”, „Miotła”, „Żywiciel”. „Baszta" i „Jerzyki".
Na terenie cmentarza wzniesiono też kilka pomników, w tym Gloria Victis (Chwała Zwyciężonym) według projektu Heleny Kłosowicz. Pod wysokim obeliskiem z czarnego marmuru co roku w godzinę „W" jest oddawany hołd poległym powstańcom.